Akademiliv

Sahlgrenska akademins nyheter

In English
Göteborgs universitets logotyp
  • Nyheter
  • Notiser
  • Seminarier
  • Utbildning
  • Bidrag
  • Om Akademiliv
Erik Larsson Lekholm i samtal med Jimmy van Den Eynden, postdok i gruppen.

Ny Wallenberg Academy Fellow söker mönster i okänt DNA

8 december, 2015 1 kommentar

BIDRAG. Att cancer beror på förändringar i DNA har varit utgångspunkten för cancerforskning i flera generationer. Men fram tills helt nyligen har bara en bråkdel av människans arvsmassa undersökts, nämligen de gener som kodar för proteiner. Erik Larsson Lekholm, som just utsetts till Wallenberg Academy Fellow, tar hjälp av kraftfulla datorer för att undersöka de övriga 97 procenten av genomet.

Wallenberg Academy Fellows finansieras av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse. Programmet stödjer några av de mest lovande, unga forskarna inom alla forskningsområden, och Erik Larsson Lekholm är en av 29 som får årets stipendium. Därmed får han finansiering under fem år, med möjlighet att söka stöd för ytterligare fem år.

– Jag är verkligen tacksam, och det är jätteroligt att de tror på mig och det arbete min grupp gör. Det är en ära, som dessutom ger oss nya möjligheter att komplettera gruppen och gå vidare i forskningen, säger Erik Larsson Lekholm, som firade med lussefika med de sex personer som ingår i hans grupp.

Ett exploderande fält

Tekniken för storskaliga genomanalyser blir allt bättre, och behovet av bioinformatik ökar med teknikutvecklingen. Under senare år har forskningsfältet kring den icke-kodande arvsmassan exploderat. Flera upptäckter har bekräftat att RNA som inte bidrar till att bilda protein ändå har betydelse för utvecklingen av cancer. Erik fokuserar nu i allt större utsträckning på förändringsmönster i icke-kodande DNA, som i sin tur ger upphov till icke-kodande RNA.

– Intresset för icke-kodande RNA i cancer är stort för tillfället, men det är fortfarande oklart i vilket omfattning som DNA-förändringar i icke-kodande regioner bidrar. Sådana förändringar är ett signum för viktiga proteinkodande cancergener, och därför är frågan principiellt viktig. Potentiellt kan analyser av genomiskt DNA på ett säkrare sätt knyta icke-kodande gener till tumörutveckling, och man kan också tänka sig att icke-kodande förändringar kan peka ut nya kodande gener som viktiga, säger Erik Larsson Lekholm.

Gruppen arbetar brett med många sorters cancer – ibland tio eller fler i en och samma studie. Vissa projekt är dock fokuserade på enskilda cancersjukdomar, ofta i samarbete med mer experimentellt inriktade grupper. De söker efter genetiska förändringar som återkommer i cancerceller från många patienter, i enorma mängder sekvenseringsdata. Bland annat utvecklar de metoder för att kunna skilja de betydelsefulla förändringarna från det störande bruset. Cancergenom innehåller nämligen oftast en stor mängd förändringar som inte är skadliga. Vissa sekvenser i genomet är mer instabila än andra och innehåller mer sådana mutationer. En aspekt av forskningen är därför att försöka förstå mer om hur dessa icke-funktionella förändringar fördelar sig över genomet.

Kräver starka maskiner

De datamängder som analyseras inom denna typ av forskning är nästintill ofattbart stora. Här har Erik Lekholm Larssons forskargrupp stor nytta av UPPMAX (Uppsala Multidisciplinary Center for Advanced Computational Science), en superdatoranläggning i Uppsala som tillhandahåller beräkningskraft för svensk genomforskning. För något mindre datamängder har gruppen också egna kraftfulla datorer, i ett källarrum i Medicinarelängan.

Mycket av den genetiska information de arbetar med hämtas från cancerkonsortiet The Cancer Genome Atlas (TCGA) och andra publika källor. Det förekommer också att gruppen själva sekvenserar material för att ta fram data till forskningen.

Erik Larsson Lekholm
Erik Larsson Lekholm

– Jag vill gärna att doktoranderna i min grupp ska lära sig tänka i termer av biologiska frågeställningar. Även om deras verktyg skiljer sig från de som används i labbet behöver faktiskt inte arbetet med hjälp av dator vara helt olikt från att jobba i ett våtlab. Samtidigt behövs förstås båda världarna, säger Erik Larsson Lekholm, som bland annat vill använda medlen från Wallenbergstiftelsen till att anställa en postdok som kompletterar gruppens experimentella kompetens.

Ingenjör i botten

Han blev tidigt intresserad av forskning och teknik – bland annat genom sommarjobb under många år på pappans arbetsplats AstraZeneca, där han fick serva och bygga olika mätinstrument som användes i den prekliniska forskningen. Efter ingenjörsutbildning på Chalmers såg han chansen att kombinera intresset för datorer med biomedicin genom en master i bioinformatik.

Sin forskarutbildning fick han på Wallenberglaboratoriet under handledning av Per Lindahl. Per Lindahls forskning är utpräglat experimentell, och Erik ägnade också mycket tid i våtlabbet under denna period.

Efter disputationen bodde han några år i New York, där han var postdok hos Chris Sander på Memorial Sloan-Kettering Cancer Center. Här fick han bland annat möjlighet att jobba tillsammans med nobelpristagaren Harold Varmus grupp, och han samarbetade också med forskare på The Rockefeller University som bara ligger ett stenkast från cancercentret.

Sex nya Wallenberg Academy Fellows vid GU

Hittills har 121 unga forskare utsetts till Wallenberg Academy Fellows under de fyra år som programmet pågått. I år utses 29 nya Wallenberg Academy Fellows, och sex av dem kommer att bedriva sin forskning vid Göteborgs universitet. Varje forskare får mellan fem och nio miljoner kronor under fem år beroende på ämnesområde. Efter den första periodens slut kommer forskarna att ha möjlighet att söka stöd för ytterligare fem års finansiering.

TEXT OCH FOTO: ELIN LINDSTRÖM CLAESSEN

Av: Elin Lindström Claessen
Taggat med: Bidrag och stipendier, bioinformatik, institutionen för biomedicin, Knut och Alice Wallenbergs stiftelse, Unga forskare

Trackbacks

  1. KAW grant | Larsson Lekholm Lab skriver:
    21 december, 2015 kl. 10:19

    […] Good news from the Knut and Alice Wallenberg Foundation, who will support us for the coming five years by appointing Erik a KAW Academy Fellow. […]

    Svara

Skriv en kommentar Avbryt svar

E-postadressen publiceras inte. Obligatoriska fält är märkta *

Akademilivs nyhetsbrev gör sommaruppehåll  från 21 juni.

Nu öppnar mellanomgången för ALF-projektmedel 2019-2020

Ansökningsperioden är 20 april-4 juni 2018.

Doktorand – Nu kan du söka hösten kurser

Höstens kurser på forskarnivå är nu öppna för ansökan. Sista ansökningsdag är 21 april.

Ge 100 000 kronor till en eller flera lärare

Nominera till Sahlgrenska akademins pedagogiska pris senast den 1 maj, 2018. Både studenter och anställda kan nominera.

Cykelservice på Medicinareberget – 15 maj

Nu kan du anmäla din cykel till service på Medicinareberget – 395 kronor kostar den.

High-end science seminars, Wednesdays at 15:00.

Stort möte för om digitaliserad administration i Göteborg nu i vår

Lägg till seminarium

Vill du tipsa om ett seminarium? Nu kan du själv lägga in seminarier med hjälp av ett enkelt formulär.

Veckans lunchmenyer

Café & restaurang Anatomen

Gastronomen på SU

Lunchen.nu

Lyktan lunchservering

Lustgården på Änggårdsbacken

Café Anne Dahl

Samlad information om byggprojekt som påverkar Sahlgrenska akademin

Snabba svar om det statistiska måttet helårsstudenter (HST)

Nyheter

Mer övervikt hos barn när mamma druckit kaffe som gravid

24 april, 2018

NY STUDIE. Även måttlig kaffekonsumtion under graviditet, en till två koppar om dagen, är relaterat till barnets risk för övervikt eller fetma i … [Read More...]

Nyanlända forskare fick info om snabbspår till universitetet

23 april, 2018

SAMVERKAN. Bioteknik, religion, urologi, IT och åldrande. Det var några av de forskningsfält som var representerade när ett tjugotal nyanlända … [Read More...]

Nytt lyckat internationaliseringskoncept för sjuksköterskeprogrammet

23 april, 2018

INTERNATIONALISERING. För första gången har en grupp internationella utbytesstudenter kunnat ta del av ett internationellt spår i en kurs som … [Read More...]

Fler cancerfall kan upptäckas tidigt på vårdcentral

19 april, 2018

AVHANDLING. Betydligt fler misstänkta cancerfall än i dag kan identifieras tidigt inom primärvården. Dels utifrån symptom – men också … [Read More...]

Drottning Silvia delade ut alzheimerpris till Michael Schöll och Ingmar Skoog

18 april, 2018

PRIS. Michael Schöll, 38 år och verksam vid Göteborgs universitet, tilldelas "Drottning Silvias pris till en ung alzheimerforskare". Priset är … [Read More...]

Spela in din föreläsning själv i smidig filmstudio i Medicinarelängan

18 april, 2018

PEDAGOGISK UTVECKLING. Nu står inspelningsrummet i Medicinarelängan klart att användas. I rummet kan lärare enkelt spela in, redigera och dela … [Read More...]

Fysisk aktivitet på recept ger effekt visar rapport från Sahlgrenska Universitetssjukhuset

18 april, 2018

ÖVERSIKT. Fysisk aktivitet på recept är ett effektivt sätt att få patienter som inte är tillräckligt fysiskt aktiva att börja röra på sig.  Det … [Read More...]

Vetgirigheten stor när barnen mötte sjuk- och tandvården

18 april, 2018

SAMVERKAN. Hur växer hår? Finns pesten kvar? Varför tappar man tänder? Det var några av väldigt många frågor som ivriga tredjeklassare ställde … [Read More...]

Nu kan du nominera ledamöter till fakultetsstyrelsen

17 april, 2018

FAKULTETSVAL. Valet av ny fakultetsstyrelse vid Sahlgrenska akademin planeras att hållas under maj månad. Anställda kan nu föreslå … [Read More...]

Rapport från den första internationella konferensen om ESSENCE

16 april, 2018

KONFERENS. I Göteborg hölls den 10-11 april den första internationella konferensen om ESSENCE– som är ett förhållandevis nytt samlingsbegrepp för … [Read More...]

Fler nyheter…

Sahlgrenska akademin

© Göteborgs universitet
Box 100, 405 30 Göteborg
Telefon: 031 786 0000

Om webbplatsen

Elin Lindström Claessen är redaktör för Akademiliv.
Har du idéer eller synpunkter mejla till akademiliv@gu.se

Anmäl dig till Akademilivs nyhetsbrev:

Tipsa Akademiliv

Har du förslag på en nyhet eller känner till något intressant bidrag/seminarium/utbildning?
Skicka ett mejl till Elin Lindström Claessen